Лишайники размножаются преимущественно вегетативно, частями слоевища. При разрыве слоевища образуются микроскопические комочки клеток водоросли, окружённые гифами гриба, которые разносятся потоками дождя и ветра на новый субстрат, где начинают развиваться новые организмы.

Половое размножение характерно лишь для некоторых видов лишайников, при котором гифы гриба образуют плодовые тела, в которых созревают споры. Большинство спор погибает, но некоторые, попадая в благоприятные условия и встречая подходящую водоросль, прорастают и формируют новый таллом лишайника.