Водоросли обитают преимущественно в водной среде, как в пресной, так и в солёной воде. Однако некоторые виды водорослей могут встречаться на сырых участках почвы, коре деревьев, камнях и в других местах с повышенной влажностью. Виды, которые живут вне воды, могут находиться в состоянии покоя в период засухи. Одноклеточные микроскопические водоросли могут плавать в толще воды или активно передвигаться с помощью жгутиков, образуя фитопланктон. Некоторые водоросли способны прикрепляться к грунту или различным предметам в водоёме.